Auf Gozo lebten bereits im 5 Jahrtausend v. Chr. Menschen. Diese sind voraussichtlich aus Sizilien auf die Insel eingewandert. Noch vor Mitte des 4. Jahrtausends v. Chr. errichteten sie auf dem Plateau südlich von Xaghra die neolithische Tempelanlage Ggantija, welche bis heute zum Teil noch gut erhalten ist.
Über 3000 Jahre später gaben die Phönizier der Insel den Namen “Göl”. Ab dem 14. Jahrhundert gaben die nachfolgenden Griechen und Römer ihr den Namen Gozo, unter dem die Insel auch heute noch bekannt ist.
Im Juli 1551 überfielen Ottomanen Gozo und verschleppten alle arbeitsfähigen Einwohner als Sklaven nach Lybien. Daraufhin ließ der Malteserorden die Befestigungsmauern der Insel verstärken, da Gozo ein wichtiger Wirtschaftsfaktor darstellte.
Als sich der Malteserorden 1798 kampflos den Franzosen ergab, begehrten die Gozitaner gegen die Besetzung Ihrer Insel durch die Truppen Napoleons. Die im September auf der Insel gelandeten Soldaten wurden gefangen genommen und in der Zitadelle von Rabat gesperrt. Im darauf folgenden Monat rief Gozo seine Unabhängigkeit aus und gab sich den Namen “La Nazione Gozitana” (Der Staat Gozo). Als die Briten im September 1800 Malta in Besitz nahmen, fand auch die Selbständigkeit Gozos ein schnelles Ende.
Gozo verdankt der britischen Herrschaft die Ausgrabung der Ggantija-Tempel in 1827, welche vom damaligen Inselkommandanten angeordnet wurde, sowie die 1897 vorgenommene Umbenennung der Hauptstadt in Rabat und die Errichtung des Stadtparks von Victoria.
1987 wurde Gozo zusammen mit Comino zu einen eigenständigen Verwaltungsbezirk erhoben, zudem eigens ein Minister mit eigenem Etat ernannt wurde.
